PRÉVALENCE, SENSIBILITÉ, SPÉCIFICITÉ, VPP et VPN

Le calcul des VPP et VPN (english) se fait sur un tableur à partir de la sensibilité (english), de la spécificité (english) et de la prévalence ou probabilité a priori. Les principaux cas de figure sont peu nombreux. Il y en a quatre particulièrement intéressants.

Le premier est celui de la pharmacologie: On est à peu près sûr que le patient a pris son traitement donc la probabilité pré-test ou prévalence est élevée disons supérieure à 0,8. Par extension, c'est aussi le cas des échantillons de composition connue dont la probabilité pré-test est par définition proche de un donc de la certitude. Ce dernier cas vise évidemment le travail en laboratoire de recherche avec des solutions de composition connue. Consécutivement, le travail en laboratoire de recherche n'est d'aucune utilité pour l'interprétation diagnostique qui est une démarche autonome.

Le deuxième est celui de la toxicologie. On n'a aucune certitude sur les médicaments absorbés et même souvent aucune information du tout. Donc, la probabilité pré-test ou prévalence est faible disons inférieure à 0,2. C'est aussi le cas des échantillons contenant certains médicaments avec très peu de vraisemblance dont la probabilité est par définition faible voire nulle. Ce dernier cas vise évidemment les autopsies puisqu'on ne connaîtra jamais la vérité avec exactitude. Consécutivement, la recherche de produits toxiques sur des prélèvements d'autopsie doit écarter l'interprétation portant sur des traces à l'identification incertaine.

Le troisième cas est celui du dépistage. La probabilité d'examiner un échantillon positif est extrêmement faible. Donc, la probabilité pré-test ou prévalence est presque nulle. C'est le cas d'un échantillon prélevé dans la population au lieu d'une sous-population aux contours bien décrits et d'effectif réduit. Ce cas est intéressant puisqu'il s'agit, en médecine générale et santé publique, du dépistage de masse de certaines affections notamment cancéreuses ou virales qui ont précisément donné lieu à des mises en garde au regard de la très faible VPP d'un résultat positif. La VPP peut même n'avoir guère plus de valeur qu'un tirage au sort à pile ou face c'est à dire donner une probabilité de 50%.

Le quatrième cas est celui d'un dépistage avec une probabilité encore plus basse qui permet de remarquer qu'une faible prévalence ne peut pas être compensée par une excellente sensibilité et une excellente spécificité.

Les ressources indispensables

Un texte simple à partir d'un exemple facile :

Statistique-Epidémiologie

par Thierry Ancelle

(2017) Maloine, 4ème édition

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