Les conjugués jouent un rôle considérable dans la détection, l'identification et la quantification des substances en toxicologie. Les automates d'enzymo-immunologie mesurent systématiquement la présence des conjugués dont le signal est ajouté à celui des molécules libres et des métabolites. Au moment du passage en spectrométrie de masse, les molécules conjuguées doivent être libérées par hydrolyse (très facilement réalisable avec l'urine) pour augmenter le signal de chaque molécule car la spectrométrie de masse mesure un signal unique par molécule ce qui a tendance à faire chuter la sensibilité puisque le signal est divisé en autant de signaux qu'il y a de molécules de la même famille. De plus, en l'absence d'hydrolyse, les molécules conjuguées vont directement dans l'évier à chaque rinçage de colonne de chromatographie puisqu'il s'agit de molécules totalement hydrophiles. La conséquence directe de cette observation est qu'il faut toujours comparer les résultats obtenus avec un automate avec ceux obtenus en spectrométrie de masse car ils fournissent des informations complémentaires.